Nel luglio del 1988 i Vescovi di Livorno, Lucca, Massa Carrara-Pontremoli, Pescia e Pisa decidono di costituire uno Studio Teologico con sede nell’Oratorio della Parrocchia del Sacro Cuore a Lido di Camaiore in cui far confluire le rispettive scuole teologiche di seminario. L’anno successivo, al momento della costituzione ufficiale, aderisce anche la diocesi della Spezia-Sarzana-Brugnato. Le motivazioni di tale decisione sono espresse nel decreto di erezione dello Studio firmato il 20 luglio 1989: “rendere più efficace e adeguata la preparazione teologico-pastorale dei candidati al presbiterato” di queste Diocesi.
La nuova istituzione, che si profila già alla nascita come la seconda in Toscana, dopo Firenze, per numero di docenti e di studenti, era stata in gestazione per circa un anno nel quale i responsabili delle precedenti scuole dei Seminari avevano elaborato lo Statuto e il piano di Studi.
I vescovi interessati approvano il 26 giugno 1989 il lavoro svolto e nominano il preside e il direttore del nuovo istituto. Lo Studio Teologico inizia la sua attività il 17 ottobre 1989 con una solenne concelebrazione dei vescovi e dei docenti. Nel 2020 con lo spostamento della sede a Pisa e la costituzione del Seminario Interdiocesano, i seminaristi della diocesi della Spezia-Sarzana-Brugnato sono stati trasferiti al seminario di Genova e si è aggiunta nella conduzione dello STI la diocesi di Volterra.
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